在公司制度中不能有扣工资的条款，即使有也是无效的。
现在企业没有权利对员工进行罚款，因为政企分离以后，企业已经没有行政管理权，所以也就不能对员工进行罚款，除非是员工的行为给企业造成了损失。
目前我国境内无论何种类型的企业，都因为没有了行政管理权，而没有权利对本企业的员工进行罚款。因此，目前所有企业的任何规章制度中只要有罚款的处罚方式就是没有法律依据的，都是违法的，都因为违法而无效。既然企业关于罚款的规定是违法无效的，那么企业从员工的工资里扣罚款的行为也是没有依据的，属于违法行为。
员工因个人原因给公司造成损失的，公司可以按照合同约定要求其赔偿经济损失，这个损失赔偿可以从工资里扣，但是最多不能超过当月工资的20％。除此以外，除了法定的代扣工资情形以外，企业不可以以任何理由扣减员工的工资。
法律依据《劳动法》。